Zen Agenda este concepută pentru a fi o platformă sigură de gestionare a programărilor. Aceasta utilizează criptare pentru protecția datelor, autentificare puternică pentru acces securizat și respectă regulamentele de confidențialitate cum ar fi GDPR în Uniunea Europeană.
Pentru a menține securitatea datelor utilizatorilor, aplicația beneficiază de actualizări regulate și dispune de proceduri de backup și recuperare.